بعد تصريح سابق له أثار جدلاً واسعاً يجيز فيه التعبد على المذهب الشيعي ، عاد مفتي مصر الدكتور علي جمعة ليؤكد أنه لا يوجد خلاف بين المذهب الشيعي وبين المذهب السني ، وأن الاختلاف فقط في المصادر.

وقال في ندوة عقدها بالقاهرة إن الأزهر فتح قلبه في عام 1949 لوحدة المذهبين، وتم تأسيس مجلة رسالة الإسلام التي حلت الكثير من المشاكل بين السنة و الشيعة ،أعقبتها محاولات فردية في الاتجاه ذاته، لكن الأمر يحتاج إلى المزيد.

وأضاف أن الخلاف بينهما مجرد اختلاف في الفهم والمصادر ، حيث إن مصادر الشيعة القرآن ومرويات آل البيت وهم: علي والحسن والحسين مع قلة من الصحابة أمثال عمار بن ياسر والمقداد بن الأسود وأبو ذر الغفاري، ولا يروون إلا عن هولاء فقط، أما أهل السنة فإنهم يعتمدون في مصادرهم على كل أسانيد الصحابة البالغ عددهم 114 ألفاً هم الذين أدوا حجة الوداع مع الرسول - صلى الله عليه وسلم - والـ30 ألفاً الذين عايشوه في المدينة، ويسبق ذلك الاعتماد على القرآن الكريم.

واستطرد مفتي مصر "هذا يحتم علينا تفويت الفرصة على الراغبين في استغلال الدين لتفريق الأمة في السياسة والاقتصاد وتبرير القتل والدم" .

كذلك نفى أن يكون هناك تحريم في الإسلام للاحتفال بيوم الأم أو المولد النبوي الشريف .. و أكد على فتواه في "العربية نت" و التي أجاز فيها التعبد على المذهب الشيعي ، كما أبدى إعجابه بتطور الفقه الشيعي.